La répartition des confessions dans le Saint-Empire à l’époque moderne est souvent résumée par la formule cujus regio, ejus religio : tel prince imposerait sa religion à son territoire. Il est vrai que la géographie confessionnelle, au xvi^e siècle, doit beaucoup aux décisions des princes dans l’Empire. Mais cette formule simplifie une situation bien plus disputée et complexe ; avec la paix de Westphalie en 1648, elle cesse même d’être pertinente. La clause de l’Année normative de référence (1624) fige en effet les frontières confessionnelles, même si les conflits restent nombreux quant à son interprétation. La conversion princière reste fréquente (elle concerne par exemple après 1648 la Saxe, le Wurtemberg, et par héritage le Palatinat, entre autres) mais se traduit dès lors par une dissociation entre la religion du prince et celle de son territoire, et joue en faveur d’une autonomisation des identités confessionnelles locales. L’article est une synthèse des éléments, en particulier juridiques, qui permettent d’inscrire cette évolution de la conversion princière dans le système politique et confessionnel singulier qu’est le Saint-Empire à l’époque moderne, et de montrer l’intrication entre les conflits locaux, les pouvoirs territoriaux, et les régulations impériales.