Tout au long du xvi^e siècle, la ville de Lyon s’est affirmée comme un espace stratégique essentiel pour la monarchie afin de contrôler les frontières du royaume. Son statut de bonne ville octroie cependant à la municipalité des pouvoirs de police importants, et le gouvernement de la cité repose sur un équilibre, parfois précaire, entre le pouvoir royal et ses représentants, le consulat et l’Église de Lyon. Devenue un des centres de la Réforme en France, la ville est capturée par les troupes protestantes en avril 1562, qui désirent en faire une « deuxième Genève ». La phase de règlement de la paix coïncide pour la monarchie avec le Tour de France royal, visant à rappeler à tous, le lien existant entre le roi et son royaume. Punition pour les uns, mesure de sécurité pour les autres, une citadelle voit le jour afin d’assurer le maintien de Lyon sous l’autorité royale. Cependant, les problèmes financiers et le fonctionnement quotidien de ce nouvel élément du paysage lyonnais demandent une collaboration, et même une négociation constante entre les représentants de la monarchie tentant d’assurer la mainmise royale sur cet espace lointain et les élites locales, attachées à leurs libertés, notamment d’auto-organisation de leur sécurité. La présence de la forteresse cristallise les oppositions lyonnaises vis-à-vis de ce qui est vécu comme une ingérence de la part du pouvoir central. Sa destruction lors d’un coup de force planifié par le corps de ville et le gouverneur de la province marque l’échec provisoire, à la veille de la Ligue, de la monarchie à maintenir un contrôle efficace sur l’ensemble du royaume.